Le site regroupe tous les stades typiques de la formation des tourbières jurassiennes dont l’intérêt floristique est remarquable. Le cortège de papillons de jour inféodés est également intéressant.
Les falaises, corniches calcaires et vires de la Cluse accueillent quant à elles une mosaïque d’habitats mésophiles à xérophiles, peu fréquents dans la région : pelouses thermophiles, forêts de ravins, etc. La diversité de peuplements de reptiles est élevée dans ces habitats. Les corniches calcaires sont enfin de bons sites de nidification pour de nombreuses espèces d'oiseaux protégés (faucon pèlerin, hibou grand-duc, etc.) d’où l’existence d’un arrêté préfectoral de protection de biotope les protégeant sur l’ensemble du département.
Ces différents habitats ont été mis en évidence par sept ZNIEFF de type 1 et une ZNIEFF de type 2.
Le territoire du site est parcouru par 3 cours d'eau :
- le Doubs (7,3 km dans le site)
- la Morte (4,3 km dans le site)
- Fontaine Ronde (0.56 km dans le site)