Le Syndicat Mixte des Milieux Aquatiques du Haut-Doubs (SMMAHD), présidé par Philippe Alpy, a été créé le 27 février 2013. Les compétences de ce syndicat mixte sont :
- l’étude, la protection, la gestion et les travaux de réhabilitation des zones humides ;
- l’élaboration, l’animation et la mise en œuvre de documents d’objectifs Natura 2000 de sites dans son territoire ;
- la réhabilitation et la protection durable des cours d’eau (des bassins versants du Doubs et de la Jougnena, barrages et seuils, entretien des berges) ;
- les actions d’aménagement des ENS (Espace Naturel Sensible) liées aux cours d’eau et aux zones humides.
Le territoire d'actions du SMMAHD s'étend sur 4 communautés de communes :
- la communauté de communes Frasne-Drugeon,
- la communauté de communes du Mont d’or et des deux lacs,
- la communauté de communes du Grand Pontarlier,
- la communauté de communes du canton de Montbenoît
Le SMMAHD est opérateur de trois sites Natura 2000 :
- Bassin du Drugeon
- Complexe de la Cluse et Mijoux
- Lac et tourbières de Malpas, les prés Partot et le bief Belin
