Chaque site Natura 2000 est doté d’un document d’objectifs (DOCOB) qui comprend :
- un diagnostic écologique : état de lieu de l'existant en matière d'habitats naturels et d'espèces patrimoniales. Le diagnostic présente aussi les mesures réglementaires de protection applicables sur le site ;
- un diagnostic socio-économique : activités humaines exercées sur le site, notamment les pratiques agricoles et forestières ;
- des objectifs de développement durable liés aux enjeux du site mis en avant dans les diagnostics. Ces objectifs doivent permettre d'assurer la conservation, la restauration des habitats naturels et des espèces d'intérêt communautaire tout en préservant les activités économiques, sociales et culturelles qui s’exercent sur le territoire ;
- des mesures de gestion proposées par thêmatique qui pourront être mises en oeuvre grâce notamment aux contrats Natura 2000 agricoles, forestiers et "ni agricole-ni forestier" ;
- une charte Natura 2000 ;
- des outils de suivi et d’évaluation des mesures proposées et de l’état de conservation des habitats naturels et des espèces.
Elaboré en concertation avec les acteurs du territoire, ce document est piloté par le comité de pilotage présidé par un représentant issu du collège des collectivités territoriales.