Les atteintes et menaces rencontrées sont de façon générale :
- Cours d’eau : artificialisation et eutrophisation provoquant une abondance des algues brunes
- Ceintures végétales hygrophiles : installation anarchique d’aménagements touristiques autour du lac Saint-Point avec morcellement.
- Tourbières : drainage et enrésinement favorisant une fermeture du milieu à moyen terme
- Massif forestier : risques d’incendie sur les falaises en saison sèche en lien avec la fréquentation (mégots, etc.)
- Pelouses et pâtures : abandon des pratiques agro-pastorales occasionnant un enfrichement, broyage des caillouxo
- Ensemble des habitats : apports d'engrais provoquant un enrichissement en éléments nutritifs et un déséquilibre trophique préjudiciable à la flore et à la faune très spécialisées de ces milieux naturels.
Le périmètre est localisé dans de petites communes rurales à densité faible cependant ce territoire est un point névralgique de passage des frontaliers vers la Suisse et donc marqué par une forte pression anthropique. Un des enjeux sera donc d’assurer une réelle cohérence entre les différentes vocations du site et de veiller au développement durable du territoire et de ses activités, en accord avec la conservation de la biodiversité.
Plusieurs secteurs présentant un intérêt patrimonial faunistique et floristique n’ont pas été intégrés au périmètre du site bien qu’ils se trouvent à proximité : fort Catina, ancienne gravière de la Cluse et Mijoux, bassin versant de Fontaine Ronde, etc. Une réflexion doit donc être menée avec tous les acteurs du territoire quant à l’intégration de ces secteurs dans un périmètre Natura 2000 modifié.