Le site Natura 2000 du bassin du Drugeon est désigné à la fois au titre de la Directive Oiseaux (Zone de Protection Spéciale) et au titre de la Directive Habitats (Zone Spéciale de Conservation), d'une surface respective de 6 520 ha et 6 704 ha.
Le bassin du Drugeon est également une zone humide internationale de la convention de Ramsar, abrite une réserve naturelle régionale « les tourbières de Frasne-Bouverans », ainsi qu’un site Espaces Naturel Sensible du Département « le lac de Bouverans et le marais du Varot ».
Réparti sur 6 704 ha et 14 communes (12 dans le Doubs et 2 dans le Jura), l’empreinte glaciaire a laissé une géomorphologie unique, qui offre aujourd’hui une grande diversité de milieux et d’espèces.
Le bassin versant correspond à celui du Drugeon et à son chevelu de ruisseaux, d’afférences et de biefs. Le Drugeon prend sa source dans les massifs du Laveron et du Mont Noir sur les hauteurs des lacs de Remoray et de Saint-Point où il porte le nom de Bief Belin et Ru de Chantegrue. Il se jette dans le Doubs, une trentaine de kilomètres plus loin en aval de Pontarlier.
