La concrétisation des actions d'un site Natura 2000 se traduit par des contrats, volontairement souscrits par les propriétaires/et ou gestionnaires de terrains du site Natura, s'ils abritent un habitat ou une espèce d'intérêt communautaire. Pour tout projet de contrat, le pétitionnaire doit s'adresser à l'animatrice Natura 2000.
En zones agricoles : les contrats prennent la forme de mesuresagro-environnementales pour une durée de 5 ans.
En zones forestières : gestionnaires de forêt publique (ONF-commune-Etat) ou privée (CRPF-propriétaire forestier privé), des contrats dits forestiers peuvent être signés entre le gestionnaire et l'Etat, pour une durée de financement limitée 5 ans, mais avec un engagement moral de 30 ans.
En zones dites "naturelles" (ni forestière, ni agricole) : les propriétaires et/ou gestionnaires de ces terrains peuvent s'engager sur un contrat Natura 2000, pour une durée de 5 ans, sur un catalogue de mesures de gestion (attention, les financements ne s'effectuent plus à l'hectare, mais aux dépenses réellements engagées).