A l'ouest du lac Saint-Point, dans la haute chaîne du Jura plissé, le site est localisé au sein du synclinal de Malpas qui s'étend entre la Montagne du Laveron à l'ouest et un petit anticlinal où s'est installé le bois du Chablay à l'est.
Le contexte géomorphologique locale a permis le développement d’un ensemble de zones humides d’un intérêt écologique majeur autour du lac de Malpas et des ruisseaux (le bief Belin et le ruisseau de Malpas) : bas-marais neutrocline et alcalin, tourbière haute active et boisée, mégaphorbiaies, saulaies, radeaux flottants, etc.
Deux cours d'eau parcourent le site Natura 2000 :
- Le ruisseau de Malpas qui prend sa source à proximité du hameau Petit-Malpas. Il s’écoule vers le nord-est sur 2,2 km et rejoint le ruisseau du Saut à Oye-et-Pallet pour ensuite se jeter dans le Doubs.
- Le Bief Belin qui prend sa source dans les marais de Malpas. Il s’écoule vers le sud-ouest sur environ 3,6 km pour rejoindre le Ru de Chantegrue à Vaux-et-Chantegrue et former le Drugeon.
Le lac de Malpas est également présent en totalité dans le site Natura 2000. Ce lac est localisé à 925 m dans une combe urgonienne. Le lac étant précédemment plus étendu, ces rives nord, ouest et sud sont aujourd’hui occupés par des marais et tourbières.
Le site constitue un lien biogéographique entre le site « Tourbières, lac de Remoray et zones environnantes» (FR4310027, FR4301283) au sud, le site « Complexe de la Cluse-et-Mijoux» (FR4301299) au Nord-Est et le « Bassin du Drugeon » (FR4301280, FR4310112) au Nord.