Le complexe tourbeux du bassin du Drugeon a subi un nombre important d'atteintes :
- drainage ;
- rectification de cours d'eau ;
- extraction de tourbe ;
- plantation d'épicéa.
Un des objectifs de gestion du site consiste donc à la réhabilitation du fonctionnement hydrologique des tourbières.
La mise en oeuvre du programme LIFE "Sauvegarde de la richesse biologique de la vallée du Drugeon" (1993-1997) par le Syndicat intercommunal du Plateau de Frasne a lancé cette démarche. Les objectifs de ce programme étaient les suivants :
- la renaturation du Drugeon et de ses afférences visant à restaurer son intérêt biologique et restituer au bassin sa capacité de rétention en eau ;
- la remise en état de tourbières et marais dégradés de même que la mise en place d’une gestion sur ces zones humides.
Depuis la fin du programme, des opérations de restauration sont régulièrement engagées dans le cadre du DOCOB sur l'ensemble du site.
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