Les principales menaces relevées sur ces milieux naturels sont liées à des activités humaines présentes ou passées :
- Exploitation de moins en moins extensive des surfaces pouvant occasionner des phénomènes d’hypertrophie et de surpâturage.
- Abandon total de pratiques agricoles sur ces certains secteurs occasionnant des dynamiques d’enfrichement.
- Pratiques/actions anciennes ayant toujours un impact sur les habitats et leur évolution naturelle (drainage, rectification de cours d’eau, etc.).
- Eutrophisation et diminution de la transparence du lac de Malpas.
Des travaux de restauration notamment fonctionnelle seront requis pour maintenir voir améliorer l’état de conservation de ces milieux (tourbières, cours d’eau, etc.). Des mesures agro-environnementales pourront financer des pratiques agricoles plus extensives et des reprises de pratiques dans les secteurs en déprise.
Le périmètre est localisé dans de petites communes rurales à densité faible. Cependant, ce territoire tend à se développer. Un des enjeux seront donc de veiller à un développement raisonné et durable du territoire et de ses activités, en accord avec la conservation de la biodiversité.