Le bassin du Drugeon est une vaste zone humide caractérisée par la présence d’importantes zones de tourbières, de marais, de prairies humides, de pâturages et de forêts, articulées autour d’une rivière qui a donné son nom à la vallée. Le nom «Drugeon» pourrait en effet remonter à la racine gauloise « dubron » (eau) (Lassus et Taverdet, 1995).
Les premières velléités d’assèchement de la vallée ont lieu au XVIIIe siècle sur Bouverans. Mais, c’est entre 1959 et 1973 que la vallée a été sévèrement aménagée lors d’une rectification drastique du lit mineur du Drugeon qui coûta 9 MF en Francs courants (Charpy, 1994). Dans l’objectif de reconquérir de nouvelles terres pour l’agriculture, l’assèchement des marais du Drugeon est décidée. Entre 1961 et 1973, ces opérations de rectification du lit de la rivière entraînent la perte d’environ 20 % du linéaire d’une rivière qui passe de 38 km à 30 km et le creusement de plus de 51 000 m de fossés. Avec seulement 200 ha récupérés, l’objectif agricole de récupération de 2 070 ha n’est pas atteint mais la rivière et toutes les zones hydromorphes limitrophes ont pâti de ces aménagements.
La conception de la gestion des cours d’eau, l’amélioration des connaissances sur les milieux naturels et sur leur fragilité, la prise en compte par la Collectivité de l’environnement, le souci de conserver la richesse du patrimoine, un partenariat accentué entre élus, administrations, professionnels et associations ont été autant de paramètres à la base du lancement d’un programme européen Life de renaturation de la vallée passant, notamment, par la décorrection du Drugeon, le défrichement de plus de 100 ha de marais et tourbières (fauche, broyage), la mise en place d’un pâturage extensif équin complémentaire avec des Haflinger appartenant au Syndicat Mixte.
Depuis la fin de ce programme, les actions de reméandrement des cours d'eau et de restauration des zones humides de la vallée se sont poursuivies.