Natura 2000 est une démarche qui intègre toutes les dimensions du territoire. Tous les acteurs et usagers du territoires sont concernés, soit par une action de gestion des terrains (agriculteurs, propriétaires forestiers, propriétaires/gestionnaires de terrains non exploités), soit par une intervention ponctuelle dans le site, soit par une responsabilité administrative dans le site.
Le Comité de Pilotage
Le Comité Pilotage Natura 2000 est désigné par le Préfet mais réuni sous la présidence d'un élu. C'est l'organe central du processus de concertation. Le COPIL est composé des collectivités territoriales (maires, président de communautés de communes, etc.), des services de l'Etat et des établissement publics (DDT, DREAL, ONEMA, etc.) et des organismes socio-professionnels et des associations (Chambre d'agriculture, Fédération de pêche, Conservatoire botanique, etc.).
Il est déstiné à suivre l'élaboration et la mise en oeuvre du DOCOB, et à valider des décisions à mettre en oeuvre sur le site.
Désigné par le préfet, mais réuni sous la présidence d’un élu, il rassemble des personnes morales représentant un enjeu ou un intérêt majeur pour le site. C’est l’organe central du processus de concertation. Il valide le document d’objectifs et les décisions.
Les groupes de travail
Des groupes de travail sont mis en oeuvre pour le suivi de certaines thématiques ponctuelles ou sur le plus long terme : "zones humides", "rivière", "agriculture", "forêt", "ouverture au public".