La vallée du Drugeon occupe une large cuvette, orientée sud-ouest/nord-est qui débouche sur la ville de Pontarlier, dans le massif du Jura. Le Drugeon occupe le thalweg sur 32 km, de sa source dans les marais de Malpas et de Vaux-en-Chantegrue, à sa confluence avec le Doubs au nord de Pontarlier.
La vallée repose sur des dépôts glaciaires où alternent des couches plus ou moins imperméables, abandonnées en mosaïque au terme des glaciations (-15000 ans) et colonisées par une végétation diversifiée.
Ce site constitue une unité écologique de valeur exceptionnelle dont les milieux, juxtaposés en mosaïque, se complètent, de la pelouse sèche au marais alcalin et à la tourbière. Les conditions écologiques variées favorisent l’expression de nombreux groupements végétaux en interconnexion fonctionnelle dont l'agencement spatial et la richesse biologique sont exceptionnels ;
29 habitats d’intérêt communautaire y ont été identifiés, dont 5 sont prioritaires.
Les habitats de zones humides représentent plus de 2 600 hectares (près de 40% du site) parmi lesquels les marais tourbeux occupent une superficie d’un millier d’hectares et constituent donc un enjeu important (près de 15 % de la surface du site Natura). Le bassin du Drugeon recense pas moins de 38 entités géographiques tourbeuses dont la taille varie de 2 à 200 ha :
- 12 tourbières de 2 à 10 ha
- 14 tourbières de 10 à 20 ha
- 4 tourbières de 20 à 50 ha
- 6 tourbières de 50 à 100 ha
- 2 tourbières de 100 à 200 ha
