Les zones humides du site présente un intérêt patrimonial fort avec 11 plantes protégées au niveau national.
L’entomofaune est également remarquable.
Présentant une qualité optimale des eaux, le Bief Belin et le Bief de Malpas accueillent une grande diversité d’invertébrés (polluo-sensibles), des frayères à truites et constituent ainsi des réservoirs faunistiques et pépinières du Drugeon.
Pour certaines espèces présentent sur des habitats en régression, fractionnés et/ou isolés comme les lépidoptères de tourbières et zones humides, un des objectifs du site est la conservation et la restauration de ces habitats pour permettre un maintien des populations.